乱後、幕府は皇位の継承に介入す

乱後、幕府は皇位の継承に介入するとともに、京都には新たに六波羅探題を置いて、朝廷の監視、京都の内外の警備、および西国の統轄にあたらせた。また、上皇方についた公家や武士の所領3000余りヵ所を没収し、戦功のあった御家人らをその地の地頭に任命した。この乱によって、朝廷と幕府との二元的支配の様相は大きく変わり、幕府が優位に立つようになった。